Le mappe genetiche per linkage sono mappe costruite mediante associazione genetica, determinando la frequenza con cui due marcatori sintenici (ossia associati e quindi localizzati sullo stesso cromosoma) sono ereditati insieme. Nelle mappe genetiche non è necessario conoscere la localizzazione sul cromosoma dei markers studiati, in quanto nella costruzione di queste mappe si cerca di svelare l'associazione tra due o più locus. Locus che sono molto vicini sul cromosoma hanno una probabilità maggiore di essere ereditati insieme rispetto a loci distanti.
Studi
genetici su famiglie per determinare quanto frequentemente due o più coppie
di alleli sono ereditati insieme, permettono la costruzione di mappe genetiche
in cui la distanza tra due geni è misurata in cM. Un cM, o unità di mappa
genetica, è definito come la distanza tra due geni per i quali un prodotto
della meiosi su cento è ricombinante. Ponendo in un grafico la distanza tra
due loci, misurata in cM, in funzione della frequenza di ricombinazione, si
osserva una deviazione dalla proporzionalità diretta per distanze tra due
loci maggiori di 40-50 cM.
Due
fattori possono essere causa della relazione non lineare tra frequenza di
ricombinazione e distanza di mappa genetica: i crossing-over multipli che
possono avvenire tra due loci e l'interferenza. L'interferenza positiva indica
l'effetto per cui un crossing-over può ridurre la probabilità di un secondo
crossing-over nelle sue vicinanze. Questa interferenza sembra essere limitata
a crossing-over che avvengono sullo stesso braccio di un cromosoma.