Vol. 2° -  XVIII.2.4.

Sonde geniche

Per sonda genica si intende un reagente che è capace di riconoscere una sequenza nucleotidica specifica in una mistura complessa di tratti di DNA differenti. Si tratta quindi di un frammento di DNA o di RNA a singolo filamento usato in ingegneria genetica per cercare un gene particolare o una sequenza di DNA. Il riconoscimento si esplica attraverso una reazione di ibridazione e per poter verificare l’avvenuta reazione, si utilizzano sonde per lo più marcate radioattivamente. Queste sonde vengono generalmente sintetizzate in laboratorio attraverso enzimi di sintesi e aminoacidi marcati.

La sonda ha una sequenza di basi complementare alla sequenza bersaglio, per cui può unirsi a questa per accoppiamento delle basi [1] . Se si marca la sonda con isotopo radioattivo, sarà possibile identificarla nelle successive operazioni di separazione e purificazione. In laboratorio è possibile costruire sonde dotate di varia lunghezza, fino a circa 100 nucleotidi, che vengono impiegate nella tecnica di Southern blot per identificare frammenti particolari di DNA.

Uno dei traguardi più ambiziosi della ricerca è di riprodurre un numero tale di sonde genetiche, o probes, da coprire l’intero genoma umano e le sue varianti patologiche.

2.4.a. Le sonde geniche in campo forense

Sappiamo che ciascun RFLP può essere identificato con una sonda speciale in grado di riconoscere e di legarsi a ogni frammento che contenga la sequenza centrale.

Abbiamo visto che le endonucleasi di restrizione sono quegli enzimi che staccano gli RFLP dal DNA. Il test che si effettua in campo forense consiste nel prelievo di DNA sia dal campione proveniente dal luogo del delitto che dal sangue del sospettato; si procede alla frammentazione in RFLP e alla separazione di questi ultimi tramite elettroforesi su gel. Un’apposita sonda radioattiva si lega agli RFLP, le cui posizioni appaiono quindi come bande scure su una pellicola sensibile ai raggi X. Se le sequenze delle bande ricavate dal campione e dall’indiziato coincidono, si procede a calcolare con quale probabilità tale corrispondenza sia solo accidentale.