Esistono tuttora pareri discordi su certi aspetti del meccanismo evolutivo, adottati da due opposte correnti: l’ipotesi neutralista e l’ipotesi della selezione positiva.
I neutralisti sostengono che parecchie mutazioni sono neutrali, che cioè molti aminoacidi di una molecola proteica, rimpiazzati da altri aminoacidi, hanno scarsissimo effetto sul funzionamento di una proteina. Così, queste mutazioni neutrali non vengono intaccate dal processo selettivo e vengono fissate a caso nell’ambito di una popolazione. Le mutazioni si presenteranno gradualmente per un processo di deriva genetica casuale.
I sostenitori della selezione positiva partono dal presupposto secondo cui molte mutazioni possono essere nocive e vengono eliminate attraverso la selezione naturale, mentre quelle vantaggiose si conservano.
È chiaro che ambedue i meccanismi possono coesistere e cooperare, ma è difficile affermarne di volta in volta il peso relativo.