Un sistema fenetico [1] di classificazione degli organismi si basa sia sulle similitudini che sulle differenze del maggior numero possibile di caratteristiche osservabili. Un sistema fenetico non intende riflettere necessariamente le discendenze da un punto di vista genetico, sebbene possa servire ottimamente allo scopo.
I metodi fenetici - come la tassonomia classica - non tengono conto in modo specifico delle relazioni evolutive: essi raggruppano gli organismi esclusivamente sulla base del numero di caratteri comuni senza considerare l’importanza dei caratteri stessi.
Pertanto, ad esempio, la presenza di due archi nel cranio sia delle lucertole che degli uccelli viene considerata alla stessa stregua della presenza in entrambi dell'emoglobina.
La classificazione fenetica può essere applicata anche ad alcune categorie di dati, quali le somiglianze e le differenze relative alle proteine o al DNA presentate dalle specie: con questo tipo di dati non è però possibile stabilire se una differenza sia più importante di un'altra e se deve quindi ricevere maggiore o minore considerazione.